El Colegio Nacional de Ciencias y Artes del Cusco, según el Decreto emitido por Simón Bolívar el 8 de julio de 1825, tuvo su origen en la fusión de dos instituciones preexistentes: el antiguo Colegio de San Bernardo, concebido para la educación de los hijos de los conquistadores, y el Colegio San Francisco de Borja, cuya misión era instruir en las primeras letras a los descendientes de los caciques locales. La ubicación designada para este nuevo establecimiento fue la antigua sede de los jesuitas, mientras que sus recursos financieros provenían de diversas fuentes, como las propiedades de los bethlemitas, los fondos de los colegios refundidos, la Caja de Censos y las temporalidades del Cusco.
