El Colegio Nacional de Ciencias y Artes del Cusco fue fundado por Simón Bolívar por Decreto de 8 de julio de 18251​2​ sobre la base del antiguo Colegio de San Bernardo erigido para los hijos de los conquistadores y el Colegio San Francisco de Borja, cuyo objetivo fue enseñar las primeras letras a los hijos de los caciques. Se le dio como local el de los jesuitas y como rentas las que pertenecieron a los bethlemitas, a los colegios refundidos, a la Caja de Censos y a las temporalidades del departamento.